芽孢杆菌对Cd、Pb、Cr等重金属有较强的吸附作用，且在改善土壤理化性质和降低土壤重金属含量方面表现出积极效果，在Cd、Pb、Cr等重金属污染土壤修复的发展前景十分广阔。然而，芽孢杆菌在修复土壤重金属污染方面的应用还处于初级阶段，仍需从以下几个方面进行深入研究：（1）利用基因工程、细胞工程等生物技术手段提高芽孢杆菌对Cd的耐受性和吸收性，对具有修复能力的菌株进行优化培养，使之达到优的生物修复效果。

由于芽孢杆菌是水产养殖中常用的益生菌，因此对于其在治理蓝藻水华方面的研究将有巨大的潜力。推测芽孢杆菌对藻细胞的作用类似水产消毒环境毒理效应，从云南滇池分离出的蜡样芽胞杆菌感染水华束丝藻后其叶绿素a含量、藻蓝蛋白含量显著减少，光合活性也明显降低。关于芽孢杆菌抑藻方式，目前发现主要是通过直接接触藻细胞、分泌胞外活性物质、以及与藻类竞争资源达到抑藻效果。

N/P比值似乎并非越大越好。铜绿微囊藻对磷的要求比对氮的要求高。因此可以推测，当水体中有一定的N、P时，会刺激铜绿激微囊藻适量的生长。因其生长导致水体中的P下降，这样便为芽孢杆菌的生长营造了一个极佳的环境。芽孢杆菌的生长会使水体中的氮磷浓度进一步下降，从而抑制了铜绿微囊藻的生长。采用不同C、N、P比例的培养基研究侧孢芽孢杆菌与铜绿微囊藻的竞争作用，发现菌对NH4+-N的利用率较高，其次是NO3--N，而对NO2--N的利用性不好，并推测芽孢杆菌对铜绿微囊藻的竞争抑制作用主要发生在两者接触初期，且抑制效果与初始的菌体和藻体数量有关。