非氧化型杀菌剂是通过改变微生物的个别基团，抑制生物活性达到杀菌的作用，非氧化型杀菌剂具有高效、广谱、低毒、药效快而持久、渗透力强、使用方便。非氧性杀菌灭藻剂有致毒剂的作用，使微生物的酶系统失去活性，破坏细胞的新陈代谢，破坏细胞壁，细胞膜或其它特殊部位，使细胞失活，达到杀菌作用。可以弥补氧化剂的不足。
非氧化型杀菌剂通常是氯酚类、季铵盐类的非氧化性化合物。非氧化性杀菌灭藻剂的杀生作用有一定的持久性，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小，受水中PH值影响较小。
非氧化型杀菌剂适用于电厂、化工、化肥、炼油、冶金等工业循环冷却水系统作杀菌灭藻和粘泥剥离之用，还具有一定的缓蚀作用。尤其对于油田注水的杀菌效果尤佳。在纺织行业中，它可以防止涤纶高速纺丝油剂的腐败，具有很好的杀菌作用。在日常处理过程中，一般是用氧化杀菌剂作为连续投加药剂，抑制微生物的生长，间歇投加非氧化杀菌剂以杀除那些产生抗药性的微生物。
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