关于腐殖质的形成过程有很多种说法，概括起来大体可分为两个阶段：一阶段，有机残体分解形成组成腐殖质分子的原始材料，如多元酚、含氮有机物(氨基酸、肽等)等;第二阶段，先由微生物分泌的多酚氧化酶将多酚氧化成醌，然后醌与氨基酸或肽缩合而成腐殖质单体。由于酚、醌、氨基酸种类很多，相互缩合的方式也不尽相同，因而形成的腐殖质单体也就多种多样。在不同条件下，这些单体又进一步缩合形成大小不等的分子。

一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。在国家标准制定中，微生物菌剂是微生物肥料中的一类，目前在微生物菌剂产品登记的152种菌种中，使用频率较大的前10位菌种分别为：枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、酿酒酵母、侧孢短芽孢杆菌、细黄链霉菌、植物乳杆菌、黑曲霉，其中芽孢杆菌占75%。目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒型。

重金属阳离子与分子或带有自由电子的阴离子能够发生络合、螯合作用。芽孢杆菌表面带有大量的阴离子活性基团，如-OH、-COOH能吸附重金属离子形成重金属配合物，降低迁移率。刘红娟等筛选到一株对Cd具有较高抗性和富集能力的蜡状芽孢杆菌，通过红外光谱分析发现，蜡状芽孢杆菌细胞壁上活性基团-OH、-NH-、-COOH、-PO43- 和-M-O（O-M-O）（M 为金属离子）与重金属Cd2+的络合密切相关。孙静等通过考察地衣芽孢杆菌富集镉的特性及机理，发现地衣芽孢杆菌对Cd2+的吸附以表面吸附为主，细胞壁上的羧基、羰基、酰胺基含有大量孤对电子，能成为Cd2+的电子供体，发生络合作用，从而实现对Cd的富集。