虽然我国灌排事业取得了很大的成就，但也面临着严重的挑战，水资源短缺已经成为中国社会经济可持续发展的主要制约因素。2002年，全国总用水量为5497亿立方米，占当年水资源总量的19.5%，其中，城镇生活用水占5.8%，农村生活用水占5.4%，工业用水占20.8%，农田灌溉用水占61.4%，林牧渔用水占6.65。虽然今后总供水量会有所增加，但随着工业和城市化的发展以及人民生活水平的提高，越来越多的水被用来满足工业和居民生活的需要，灌溉用水将更加紧张，农业灌溉缺水每年达300多亿立方米，但农业用水浪费严重，全国灌溉水利用率只有40%左右。20世纪70年代，全国农田受旱面积平均每年约1100万公顷，到80年代和90年代则分别达平均每年约2000万公顷和2700万公顷。近5年来，全国受旱面积平均每年达3300多万公顷。此外，我国水资源污染尚未得到有效控制。根据2002年的水质评价结果，在调查评价的12.3万公里河长中，四类水河长占12.2%，五类或劣五类水河长仍占23.1%。
中国已经建成设计灌溉面积超过30万亩的大型灌区447个，1万至30万亩的中型灌区5967个。现有塘坝、小型泵站、机井、水池、水窖等独立运行的小型农田水利工程2000多万处，大中型灌区末级渠道、小型灌区固定渠道近300万公里，固定灌溉管道约180万公里，相应的配套建筑物近700万座，难以计数的田间工程几乎覆盖了所有的农田灌溉面积。