因为腐植酸钠是一种比较稳定的具有芳香结构的天然大分子有机质，由稀疏的芳香环连结一起构成的一张断断续续的网，结构中有许多大小不一的空洞孔隙，这张大网可以将水体中的杂质吸附，并最终带到底部。此外，物理遮阳也是腐殖酸钠调节水质的功能之一，就是施用腐植酸钠后，水体变成酱油色可以阻挡部分阳光到达底层，从而可以起到预防青苔的作用，在螃蟹养殖塘使用量比较大。
2、肥料作用
腐殖酸钠在养殖应用中可以看做是一种肥料，由于腐植酸元素组成碳占50%-60%、氢占4%-6%、氮占1.5%-6%，其余元素是氧，因此利用腐殖酸钠肥水的主要原理是碳源肥水。长期以来存在的“呼吸学说”认为腐殖酸钠中的酚羟基功能团能改善根的呼吸作用，因而腐钠又有“呼吸肥料”之称。此外有研究表明腐殖酸钠可以缓冲环境中磷肥不足等问题。