食用菌利用农作物秸秆为原料进行栽培，生产过程中会产生杂菌污染废弃物，生产结束后又剩下大量栽培废料—菌渣。这些废料如果不及时处理，会成为污染源，造成生产环境恶性循环，导致食用菌制种和栽培失败机率增加。特别是规模化生产，不可能采用焚烧和搬离场所等消极处理方法。要使食用菌生产走上生态高效经济循环发展道路，必须开发食用菌菌渣的综合利用，在此基础上形成食用菌—营养食品—大众健康的产业链和农作物秸秆—菌渣饲料—饲养业—有机肥料的农业生态循环链，实现变害为利，变废为宝，节本增益，促进农作物秸秆栽培食用菌产业良性循环和健康持续的发展。 
(1) 菌渣生物饲料的开发利用 

    栽培食用菌的主要基质棉籽壳、稻麦棉油秸秆、胡桑枝、玉米芯等，含有纤维素、半纤维素和木质素等多糖，在栽培过程中被食用菌分泌的各种酶降解，菌渣中含有丰富的各种易吸收的有机物和矿物质，再经过生物发酵，粗蛋白、粗脂肪含量均比原来的基质高二倍以上，可以做成饲料、饵料或其添加剂，用于猪、牛、羊、鸡、鸭、兔、鱼等动物饲料，替代部分粮食，降低饲养成本。 
(2) 菌渣循环利用 

利用自然界中无害微生物，对食用菌栽培中的污染物进行堆制和沤制处理，使物料熟化，富集营养，成为用食用菌循环利用的优质基料。即食用菌种植后的菌渣废料，可直接用作另一种食用菌栽培的部分原料，前茬菇的菌丝生长分泌各种酶，对基质起熟化作用，为后茬菇提供速效营养物质。 
(3) 菌渣生产绿色肥料 
    食用菌栽培废弃物加入无害化的添加剂，生产绿色有机肥料，用绿色肥料给农作物、果林树木施肥，可显著增加土壤有机质，改善土壤物理性状，提高农作物、果林树木的产量和品质，周而复始，转化为循环经济。 
(4) 菌渣基质栽培 
    随着设施栽培面积的不断扩大，由于大棚内连年种植蔬菜，连作障碍（如病虫害严重、土壤次生盐渍化等）的问题越来越严重，传统的无土栽培由于使用化学营养液或蛭石等基质，存在着栽培成本高，操作难度大，不易推广等缺点。利用丰富的菌渣作为无土栽培基质生产蔬菜，既可显著降低成本，简化操作规程，又便于推广，使蔬菜产量显著提高，达到优质、安全、无公害。