鉴于各省铸行铜元毫无节制， 清便着手整顿和统一币制，试图将铸币权收归国有，加强控制。1905年(光绪三十一年)10月，清在天津设立的户部造币总厂开始铸造新式铜元"大清铜币"，并颁布《整顿圜法章程十条》，其中规定："铜元成色定为用九七紫铜，三厘白铜，原用听锡一厘"；"重量定准当二十者重库平四钱，当十者重库平二钱，当五者重库平一钱，当二者重库平四分"；"统一制造大清铜币，由户部颁发祖模，均与总厂所铸一律，惟于正面加铸省名一字，以便查考。每次铸出，均须呈送财政处户部化验，并由财政处户部随时遵派要员前往稽查"，"各省所铸铜币，应令该省所设官钱公估等局，酌量市面情形定价，随发随收，持之以信"；"各省所铸铜币， 不得大宗贩运出生活上，若各省需用铜币，可备价至总厂领取"。
1906年(光绪三十二年)7月， 清处户部又奏请朝廷， 拟将当时全国24处铜元局， 酌量归并为九处， 如折中所述："然中国幅员辽阔， 若如全国仅设一厂，转运恐形不便，惟有相度地势之拼。除臣部所设总厂外，拟以山东归并直隶为一厂，湖南归并湖北为一厂，江西、安徽、江苏、清江并归江宁一厂，浙江归并福建为一厂， 广西归并广东为一厂。合奉天、河南、 四川、云南四厂，共九处， 皆归臣部统辖，调剂盈虚， 彼此均可匀拨。"在归并铜元局得以顺利实施的同时，又限定各省每日铸造铜元数额，以避免重蹈滥造的覆辙。此后，清将户部改称"度支部"，命各省造币厂改称度支部造币分厂，欲统而治之，巩固中央造币集权。
这一时期铜元的显著特点，正面均钤有汉文"大清铜币"字样，左右边缘分列"户部"和干支纪年文字， 后期去掉"户部"， 仅留干支纪年文字， 上缘列满文"大清铜币"， 下缘列纪值文字； 背面为统一蟠龙， 又称"部颁龙"或"大清龙"， 上缘前期为"光绪年造"、后期为"宣统年造"字样，下缘为英文"TAI-CHING-TI-KUO COPPER COIN"， 汉译为"大清帝国铜币"。户部所铸铜元正面中央无文字，各省所铸铜元正面中央铸一阴文单省名，也有个别为阳文以示区别。币值分为当制钱二十文、十文、五文和二文四种。此阶段新疆地区铸行"宣统元宝"铜元，西藏地区曾铸行"宣统宝藏"铜元，仅此两例。虽然清处心积虑改革币制，但未能有效遏制住全国大肆铸造铜元的势头，各省局以利之所在都阳奉阴违，边疆省份云南竟敢违背不准设新厂的诏令， 1907年(光绪三十三年)设局铸行"云"字大清铜币。
面对铜元泛滥之灾愈演愈烈，清决心彻底改革币制，从根本上解决铜元铸行中暴露出来的问题，废除旧铜元，再造新铜元。1910年(宣统二年)4月16日， 清颁布了《币制则例》， 实行银本位制， 即以银元为主币，铜元为辅币，一种新型辅币制度明文确立。新铜元以分为单位，有二分、一分、五厘、一厘四种。然而，这套新铜元的币值又与制钱比价相背离，只铸式样，并未流通。故1911年(宣统三年)又推出一套新铜元， 仍称"大清铜币"， 计有二十文、 十文、五文和二文、一文五种，五文以上铸有制钱和银元互换值， 以补第一套新铜元之不足。 同时还规定新、 旧铜元暂时同用，在三年之内逐步收回旧铜元，期满停止使用。但这一币制改革方案，还未来得及全面实施(只有十文和一文铜元进入流通领域)，便爆发了辛亥革命，清朝灭亡。
