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生物过滤是整个过滤系统的重心，一个过滤系统是否能够发挥关键性（除氨）功能，端视生物过滤能否正常运作而定。市面上有贩卖许多生物滤材的相关产品，面对琳琅满目的生物滤材，如何做出适当的选择，应是我们在布置过滤系统之前首先必须了解的问题。
生物滤材不必换洗，如果把生物滤材拿出来换洗，那么好不容易建立起来的硝化系统一定会受到严重的破坏。这样看来，生物滤材的管理工作似乎很简单，不过仍须尽量避免让生物滤材有受到有机碎屑污染之机会。有机碎屑不会对硝化细菌造成任何毒害反应，然而如果让有机碎屑不断渗漏至生物滤材中，势必遭致腐生细菌的大举入侵，而直接压缩到硝化细菌的生存空间，影响所及，硝化细菌的菌落将受到破坏，这当然会对硝化作用造成不利的影响。职是之故，物理滤材物必经常换洗，以免有机碎屑负荷过多，有渗漏至生物滤材之虞。
生物滤材久用之后，难免也会藏污纳垢，不过，不用担心，这些污垢主要是一些即将剥落的生物膜。生物膜通常也有寿命，只要它的厚度太厚，导致深层形成厌气状态，其中的硝化细菌因无法继续生存，而在循环水的冲刷下，逐渐剥离生物滤材的表面，最后脱离其表面，并被循环水从过滤器中夹带出来进入水族缸内，随即又被循环水重新带回物理滤材终被除去。新的生物膜，不久之后又会在原来剥落的地方重新长起来。
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