循环冷却水处理不仅要防垢防腐，还要防微生物。微生物种类较多，在循环冷却水中引发问题的主要有三类：藻类、细菌和真菌。它们一是从补给水中带入，二是由空气中带入。
冷却水中的藻类主要有：蓝藻、绿藻和硅藻。
藻类的危害：一是死亡的藻类成为水中的悬浮物和沉淀物，二是藻类在冷却塔填料上的生长会影响水分散和通风量，降低冷却效果。
循环水中存在大量细菌，其在新陈代谢过程中能分泌黏液，把原来悬浮在水中的固体物和无机沉淀物粘合起来，附着于换热表面上，引起结生污垢和腐蚀。冷却中的细菌按其形状分为球菌、杆菌和螺旋菌。
冷却水中的真菌包括霉菌和酵母菌两类。真菌往往生成在冷却塔的木质构件上，水池壁上和换热器中。真菌会破坏木材中的纤维素，使构件腐朽，产生细菌状粘泥，影响冷却效果。
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