木瓜蛋白酶乳白色至微黄色粉末，具有木瓜特有的气味,稍具有吸湿性。水解蛋白质能力强,但几乎不能分解蛋白胨，易溶于水,,不溶于一般的有机溶剂,耐热性强。
可利用酶促反应，使食品大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、饼干松化剂、面条稳定剂、啤酒饮料澄清剂、高级口服液、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等。有效转化蛋白质的利用，大大提高食品营养价值，降低成本。有利于人体的消化和吸收。
1、食品工业：
利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，广泛适用于如：鸡、猪、牛、海产品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降低成本。
2、饼干行业：
降低面团湿筋度、改良面团可塑性及理化性质，同时使蛋白质大分子水解成短肽和氨基酸，从而有利于糖类和氨基类物质进行复杂的美拉德反应，使产品上色快，色泽悦目有油润光鲜感，疏松酥脆容比力大，断面网状结构明显，层次好；裂饼、碎饼率降低，饼形端正饱满不缩身，花纹清晰，饼面光滑；并且可以相应减少10％-25％的焦亚钠，从而减少SO2等有害物质的残留量，还可以矫正化学添加剂对饼干风味的影响，有效提高饼干产品的质量。
3、医药工业：
含木瓜蛋白酶的药物，如木瓜润喉片、木瓜肠溶片（胶囊）、木瓜含片，具有消炎、利胆、止痛、助消化、提高免疫力等功效，进一步研究表明亦可用于检查红细胞表面及血型鉴别剂、治疗妇科病、青光眼、昆虫的叮咬等。
4、纺织工业：
羊毛的防缩：用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，舒适、抗
收缩、抗张强度等效果收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
5、皮革工业：
利用木瓜蛋白酶制成皮的脱毛剂，鞣制皮革，经本品鞣制的皮革，毛孔细致光亮。
6、饲料工业：
分解饲料中蛋白质成氨基酸，增加营养物质的渗出量，利于家禽对蛋的吸收和利用，同时补充动物内源酶不足，提高饲料利用率及降低饲料成本，增强食欲，进而促进动物生长，提高日增重及成活力，还可以作为蔬菜水果高级复合肥料的添加剂。
7、日化行业：
用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液等，衣物被血渍,牛奶,果汁,酱油油脂等污染后,如用普通洗涤剂,则一般很难消除这些污渍。如若在洗涤剂中加入蛋白酶可使汗渍,血渍容易除去，去污力强，除菌消毒、安全放心。
8、化妆品行业：
木瓜酶作用于人体皮肤老化角质层，促使其分解退化、去除达到嫩肤效果及促进细胞生长的效果，且木瓜酶水解物在皮肤表层形成一层氨基酸衍物薄膜，使肌肤保持润湿与光滑；木瓜酶易于与形成色斑的黑色素中的铜离子形成络合物，减少黑色素的形成和去除色斑的黑色素，且木瓜酶水解的三肽物质可直接抑制形成黑色素的酪氨酸活性、消除自由基作用，从而达到美白去斑的效果
9、 此外还可加入加牙膏、漱口水、牙粉等,可清洁口腔，除去牙垢和牙结石，与其它溶剂配合可制成眼镜的清洁消毒剂以及感光胶片银的回收等。
