主要应用于各种小包装食品、瓶装食品、糕点、饼干、果脯、豆制品、熟食、调味品（鸡精、香精）面粉等的加热、干燥与杀菌处理。也使用于对海产品（海带、紫菜）的干燥；面包、糖、干果、茶叶、烟叶、粮食制品的脱水、干燥、杀菌防霉处理。以及对各类速冻食品的解冻处理。尤其对饼干、水果的干燥具有一定的膨化及杀菌作用。微波具有热效应和非热效微波设备应双重杀菌作用。
    微波杀菌是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100-120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟（例如：豆制品细菌总数6-7万左右，经过微波杀菌以后细菌总数只有6千以下，大肠菌群小于30，时间十五分钟左右达到食品杀菌的要求）。
    通过微波杀菌处理的食品的保质期可延长3~8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30%~100%。而且不生产“三废”污染。
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