对于袋装或者瓶装食品，微波凭借穿透力，能穿透包装和包装内食品、药品进行的干燥杀菌，而且包装材料如PET塑料、玻璃、纸张、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不会发热，这样产品更卫生，避免二次污染。不过需要注意是，由于金属、铝箔就可以反射微波而不被穿透，所以包装材料不能采用了金属材料或者含有金属成分（如贴有铝箔的塑料薄膜）。其次，用微波处理袋装或者瓶装药、食品时，因包装内的食品、药品会发热，造成气压升高，如果完全的密封且气压过大，气压可能会冲破包装。解决的方法有：

1、先用微波杀菌然后迅速密封或者加盖。
2、密封之后放置要压力容器内再用微波杀菌。
3、真空包装之后再用微波杀菌。

在袋装食品杀菌保鲜问题上，微波的穿透性、不破坏营养成分和低温杀菌等点，呈现出明显的优越。河南格尔微波科技选用2450兆赫微波，对袋包熏鱼、叉烧、麻雀、肉松等熟食品的杀菌处理，细菌杀灭率在95%以上。

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