清朝仿明制，大量制作帝王用玺以冲淡无传国玉玺之虚。清朝玉玺使用满汉双文篆书样，左满文，右汉文。清共制二十五方玉玺称清二十五宝。二十五宝平时密藏于紫禁城交泰殿的宝盝中，一宝一盝。宝盝为两重，皆木质，制作精美。宝盝置木几上，外罩绣龙纹的黄缎罩，分列于御座左右。
亦有闻传国玉玺蒙元北遁时携走，明末清初时多尔衮领兵在青海地区决战北元时亦有得传国玉玺，但无确实史料可证。


清二十五宝
清初作宝泛滥，至乾隆初年交泰殿贮宝三十九方，其中宝文重复者或于义不合者甚众。乾隆十一年厘定制度，只选其中二十五方以作国宝，其数以应大衍之数。乾隆十三年更定宝文，除大清受命之宝、皇帝奉天之宝、大清嗣天子宝、青玉质皇帝之宝四方以其由绪有序予以保留外，其余二十一方俱重刻为满汉篆文体。
二十五方玉玺作用，材制多样以玉制交龙纽为多，其它有金银还有一方木制玉玺。
1.  大清受命之宝：《交泰殿宝谱》以章皇序之用，白玉质，盘龙纽，汉篆文满本字文，昭告天下天子登基用玺。
2.  皇帝奉天之宝：《交泰殿宝谱》以章奉若，碧玉质，盘龙纽，汉篆文满本字文，郊祀用玺。
3.  大清嗣天子宝：《交泰殿宝谱》以章继绳，金制，交龙纽，汉篆文满本字文，册立太子用玺。
4.  皇帝之宝二方：皇帝日常用玺，一玉制，一木制。青玉质者为交龙纽，满篆文，《交泰殿宝谱》以布诏敕；檀香木质者为蹲龙纽，满汉篆文，《交泰殿宝谱》虽云其仅为“以肃法驾”的皇权象征物，但事实上绝大部分制诰诏敕均钤该宝，是所用最多应用范围最广的一方宝玺。
5.  天子之宝：《交泰殿宝谱》祭祀百神之用，白玉质，交龙纽，祭祀用玺。
6.  皇帝尊亲之宝：《交泰殿宝谱》用宝太后，太皇太后及上尊谥、庙号之用，白玉质，交龙纽，祭祀用玺。
7.  皇帝亲亲之宝：《交泰殿宝谱》以展宗盟之用，白玉质，交龙纽，祭祀用玺。
8.  皇帝行宝：《交泰殿宝谱》以颁锡赉之用，碧玉质，交龙纽。
9.  皇帝信宝：《交泰殿宝谱》以征戎武之用，白玉质，交龙纽。
10.天子行宝：《交泰殿宝谱》以册外蛮，碧玉质，蹲龙纽，册封藩国外夷之用。
11.天子信宝：《交泰殿宝谱》以命殊方之用，青玉质，交龙纽。
12.敬天勤民之宝：《交泰殿宝谱》以殇勤吏之用，白玉质，交龙纽，嘉赏官吏之用。
13.制诰之宝：《交泰殿宝谱》以谕臣僚之用，青玉质，交龙纽。
14.敕命之宝：《交泰殿宝谱》以钤诰敕之用，田黄质，蹲龙纽。
15.垂训之宝：《交泰殿宝谱》以扬国宪之用，碧玉质，交龙纽，颁行法令用玺。
16.命德之宝：《交泰殿宝谱》以奖忠良之用，青玉质，交龙纽。
17.钦文之玺：《交泰殿宝谱》以重文教之用，墨玉质，交龙纽。
18.表章经史之宝：《交泰殿宝谱》以崇古训之用，碧玉质，交龙纽。
19.巡狩天下之宝：《交泰殿宝谱》以从省方之用，青玉质，交龙纽。
20.讨罪安民之宝：《交泰殿宝谱》以张戎伐之用，青玉质，交龙纽。
21.制驭六师之宝：《交泰殿宝谱》以整戎行之用，青玉质，交龙纽。
22.敕正万邦之宝：《交泰殿宝谱》以诰外国之用，青玉质，交龙纽。
23.敕正万民之宝：《交泰殿宝谱》以诰四方之用，青玉质，盘龙纽。
24.广运之宝：《交泰殿宝谱》以谨封识之用，墨玉质，交龙纽。


盛京十宝
乾隆十一年厘定二十五宝制度后，故内府所藏废弃国宝十四方中，以其中十方或虽宝文重复但国初行用，“未可以与古玩并列”，故宝于盛京宫阙凤凰楼。
1.  大清受命之宝：碧玉质，蹲龙纽。
2.  皇帝之宝三方：一方青玉质，交龙纽，满本字文汉篆文；一方碧玉质，盘龙纽，满本字文汉篆文；一方檀香木质，素纽，满篆文。
3.  奉天之宝：金质，交龙纽，满篆文。
4.  天子之宝：金质，交龙纽，满篆文。
5.  奉天法祖亲贤爱民：碧玉质，交龙纽，满本字文汉篆文。
6.  丹符出验四方：青玉质，交龙纽，后为下方“制诰之宝”取代。
7.  制诰之宝：青玉质，交龙纽，汉篆文，传为清太宗所得元朝传国玺，乾隆年间取代上方“丹符出验四方”而位列盛京十宝。
8.  敕命之宝：青玉质，交龙纽，满本字文汉本文。
9.  广运之宝：金质，交龙纽，汉篆文。


太上皇帝之宝
清高宗乾隆帝在登基60年后传帝位于嘉庆帝，自居太上皇公文谕令行“太上皇帝之宝”。
太上皇帝之宝：碧玉质，交龙纽。四壁刻有乾隆御题诗。存于雕云龙纹紫檀匣中。
凡三品堂上官任免诸事皆由太上皇决断，用玺太上皇帝之宝。


清末新政作宝
清末新政时，仿西欧木制国玺御玺之制，作檀香木汉文篆书方玺四方，现藏北京故宫博物院。与旧二十五宝不同，印文仅有汉文且明示国体国号，其文分别为“大清国宝”、“大清皇帝之宝”、“大清帝国之玺”、“大清帝国皇帝之宝”。推测此四方玺或于新政或行宪后用于中外交往文书上，然而四方玺均无使用痕迹。
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