与农家肥：区别：1）生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。4 与生物菌肥：区别：1）生物有机肥价格便宜，每吨在千元左右；生物菌剂价格昂贵，每吨几千元。2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
   有机农业中使用的有机肥需经过有机认证机构的认证，符合有机产品的生产标准。近些年来，我国各种生物肥料发展迅速，年产量达数十万吨以上。这些生物肥料以科技含量较高、增产效果明显和无公害为主要特点，它的生产、推广和应用对增进土壤肥力，提高农作物产量，改善农作物品质和切实推行农业可持续发展都有积极意义。 针对生物肥料在生产、产品质量和使用等方面存在的问题，本刊记者采访了江西农业大学高勇生教授，旨在提高农村广大群众对这类肥料的认识，更加正确、科学地使用这些肥料，以促进我国生物肥料的健康发展。
   生物有机肥与农家肥(生鸡粪)、磷酸二铵复合肥配比要合理 给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全(根据瓜果种类不同合理配比)。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多(18个氮、 46个磷)，复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。另外，生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可避免。即使补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育;另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成