N/P比值似乎并非越大越好。铜绿微囊藻对磷的要求比对氮的要求高。因此可以推测，当水体中有一定的N、P时，会刺激铜绿激微囊藻适量的生长。因其生长导致水体中的P下降，这样便为芽孢杆菌的生长营造了一个极佳的环境。芽孢杆菌的生长会使水体中的氮磷浓度进一步下降，从而抑制了铜绿微囊藻的生长。采用不同C、N、P比例的培养基研究侧孢芽孢杆菌与铜绿微囊藻的竞争作用，发现菌对NH4+-N的利用率较高，其次是NO3--N，而对NO2--N的利用性不好，并推测芽孢杆菌对铜绿微囊藻的竞争抑制作用主要发生在两者接触初期，且抑制效果与初始的菌体和藻体数量有关。

人们常在池塘养殖鱼类中吃出一股土腥味，这种异味主要是由geosmin 和MIB两种化合物引起。鱼类的土腥味常在夏季蓝藻水华时出现，颤藻、鞘丝藻、微囊藻、鱼腥藻等属种是造成土腥味的常见种类。其中微囊藻还可以产生化合物和蒜味化合物，这些物质都是藻类的次级代谢产物，它们通过鱼鳃和皮肤进入鱼体后大量富集，产生异味，严重影响养殖鱼类的销售。

养殖池塘中耗氧因子根据养殖特点分为养殖动物呼吸、水呼吸和泥呼吸。“水”呼吸是指水中的浮游生物、浮游细菌、水中溶解态和颗粒态有机物的呼吸耗氧。“泥”呼吸包括养殖水体底泥中含有的各种有机质及底栖生物类呼吸代谢耗氧。下表中将不同养殖池塘各种呼吸所占比例明确标注出来。养殖池塘中耗氧最多的是“水”呼吸，影响“水”呼吸大的因素是浮游生物、浮游细菌数量和有机物浓度。浮游生物和浮游细菌浓度也取决于水体有机物含量，有机物丰富促进浮游生物和细菌繁殖。也就是说，养殖池塘水体耗氧量最终取决于水体中有机物含量。