需要关注的另一个耗氧因子是“泥”呼吸，尤其是对虾养殖中后期池塘。池底残饵粪便大量积累，池底有机物分解需要消耗大量氧气。养殖池塘减少耗氧关键是提高饲料利用率，减少残饵。大量文献研究表明使用芽孢杆菌后会大大降低养殖池塘COD，那COD与养殖池塘的溶解氧有什么关系呢？我们首先科普一下所谓的COD，COD是指水体中能被氧化的物质进行化学氧化时消耗氧的量，一般以每升水消耗氧的毫克数来表示。也就是说使用芽孢杆菌可以降低池塘的耗氧水平，起到减少氧气消耗的作用。说到底，引起养殖池塘大量缺氧的主要原因是水呼吸和泥呼吸，而水呼吸和泥呼吸的大小主要取决于养殖池塘有机物的含量。使用芽孢杆菌可以分解水体有机物，减少有害菌厌氧发酵，进而起到降低池塘COD作用，只是这个过程相对较长。

由于芽孢杆菌是水产养殖中常用的益生菌，因此对于其在治理蓝藻水华方面的研究将有巨大的潜力。推测芽孢杆菌对藻细胞的作用类似水产消毒环境毒理效应，从云南滇池分离出的蜡样芽胞杆菌感染水华束丝藻后其叶绿素a含量、藻蓝蛋白含量显著减少，光合活性也明显降低。关于芽孢杆菌抑藻方式，目前发现主要是通过直接接触藻细胞、分泌胞外活性物质、以及与藻类竞争资源达到抑藻效果。

人们常在池塘养殖鱼类中吃出一股土腥味，这种异味主要是由geosmin 和MIB两种化合物引起。鱼类的土腥味常在夏季蓝藻水华时出现，颤藻、鞘丝藻、微囊藻、鱼腥藻等属种是造成土腥味的常见种类。其中微囊藻还可以产生化合物和蒜味化合物，这些物质都是藻类的次级代谢产物，它们通过鱼鳃和皮肤进入鱼体后大量富集，产生异味，严重影响养殖鱼类的销售。