其实水体本身所含的微生物有一个本底值，这些微生物是肉眼看不见的，而且90%多的也是无法人为培养的，能培养的好氧菌基本是106-108CFU/L，我们简单的乘以10倍表示水体总菌数，结果是107-109CFU/L。我们人为加入的芽孢杆菌仅为106CFU/L的水平，相对于水体微生物的本底值，其实水体本身好氧菌的耗氧量才是大头。

微生物通过各种代谢活动产生多种低分子量的有机酸（如甲酸、乙酸、丙酸、柠檬酸等），能影响土壤中重金属沉淀-溶解平衡，从而改变重金属在土壤中存在形态的分布。杨卓等利用反向高效液相色谱测定巨大芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌发酵液中的有机酸成分，发现在发酵过程中巨大芽孢杆菌和胶质芽孢杆菌能产生柠草酸、檬酸、苹果酸等有机酸，而这些有机酸能改变土壤Cd存在形态，提高土壤中Cd的生物有效性。芽孢杆菌通过代谢活动产生的有机酸能活化土壤重金属Cd，影响植物对Cd的吸收，可用于微生物强化植物修复土壤重金属Cd污染的研究。

枯草芽孢杆菌是一种短杆状、无荚膜能运动的革兰氏阳性细菌，严格好氧，是我国正式批准使用的益生菌，其耐酸、耐盐、耐高温，能强烈分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物,分解蛋白质和复杂多糖,对水溶性有机物分解也有重要的作用,同时可以与养殖环境中的有害藻类及水产致病菌竞争,形成优势种群,抑制有害藻类及水产致病菌，芽孢杆菌在水产养殖中的应用越来越广泛。