微生物的培养方法有三种，即纯培养法、选择性培养法和优势培养法。

组织分离法 （1） 子实体分离法（2）菌核分离法（3）菌索分离法：对一些不易找到子实体及菌核的菌类 3、基内菌丝分离法 对于子实体只有在特定的季节下出现，平时不易采到，或子实体小而薄或呈胶质状态（1）菇木（或耳木）分离法 在食用菌繁殖旺盛期 （2） 代料基质分离法 分离前，选择一批子实体发生早、产量高、菇体尚幼嫩且生活力强而无病虫害的栽培袋，待子实体将近成熟时，去掉子实体，然后用75%酒精将培养袋进行消毒后，在培养料下1.5cm处挑取0.3cm的培养料小方块组织，接入试管培养基的中央，置于恒温下培养。

微生物的培养方法有三种，即纯培养法、选择性培养法和优势培养法。

（1）原种培养 接种后的试管原种，置于25℃左右的恒温箱中培养，经过2-3天即可检查生长情况，纯洁菌种经过7-15天的培养，原种菌丝即可长满斜面培养基。 （2）母种及栽培种培养 栽培种接种后置于25℃左右的培养室内培养。当菌种瓶中菌丝体伸入培养基的1/3时，培养室内的温度可降低2-3℃，以避免菌丝生长代谢加强，料温上升而引起高温障碍。培养室内保持60-70%的空气相对湿度。一般经过20-40天的培养，菌丝即可扩散生长到整个培养基，再经过7-10天即可培养出优质的菌种。

近几年，随着上海市区食用菌生产由过去蘑菇、草菇、平菇的单一格局转向常规与珍稀菇类多品种的并荐局面，部分菌种的制作容器亦由750ml玻璃瓶发展为各种规格的塑料袋，传统的接种箱方式已不能适应大规模的塑料袋制种，于是采取简便而迅速的开放式接种便应运而生。但是，在实践生产中一些制种人员由于消毒方法操作不当，造成了制种成品率降低，甚至失败。