生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。

净化水简言之就是对水的净化。水的净化，是通过相应的过滤材料，根据不同的最终用水需求，以物理或化学的方式，去除水中的铁锈、泥沙、余氯、有机物、有害的重金属离子、病毒等的过程。显而易见，如果水净化全程运用的是物理过滤方式，则不会在水中产生或添加任何新的物质，更不会改变水的性状，因而是安全的方式，目前在西方国家广泛采用。水得到净化，去除了危害人体健康的物质，我们称之为“净水”。
正常人体液本身就呈弱碱性，pH值就在7.4左右。在日常生活中，人的体液具有很强的中和缓冲功能，他自己就能够维持酸碱度的平衡，所以无论你摄入的食物是酸性还是碱性，人体的pH值是基本不变的，根本不存在所谓的“酸性体质”。水喝到胃里的，胃的环境是本身酸性的，pH为2-3，胃液是一种酸性较强的缓冲溶液。不管喝什么水，喝到胃里后，pH值都会改变为酸性。所以，所谓“只有喝碱性水好，喝弱酸性水有害”的说法是没有科学依据的，是误导宣传。饮用水只要符合国家的卫生标准，不管呈弱酸还是弱碱性 ，都可放心饮用。