孵化种蛋影响孵化率主要有方面，一是种蛋的原因，二是孵化条件未达到，三是种鸡的遗传因素。
1、种蛋的原因
（1）、 种蛋的品质：裂缝、污秽、畸形、太大、太小的蛋孵化效果不佳。
（2）、种保存：短期保存种蛋对孵化率的影响不大，但保存期延长就会导致孵化率不断下降。保存种蛋的温度太低，相对湿度不足，通风不良，翻蛋不当，都影响孵化率。种蛋受冻、受振以及消毒不严，均可造成胚胎早期死亡增多，胚胎发育受阻，孵化率降低。
2、孵化条件的原因
（1）、温度：孵化温度过高过低都会影响胚胎发育，严重时造成胚胎死亡。
（2）、湿度：孵化湿度过大过小，都影响蛋内水分代谢，胚胎死亡率高。
（3）、翻蛋：孵化中翻蛋不当或完全停止翻蛋，卵黄容易黏附于蛋壳膜上，影响胚胎运动，造成胎位不正，导致胚胎死亡。
（4）、通风换气：孵化中通风不良，会出现胎位不正和畸形，胚胎死亡率增高。
（5）、供电不稳：在供电不稳的地区或孵化器出现故障，使孵化中停电时间过长，造成温度降低和机内温度不均匀，使胚胎发育受阻甚至全部损失。
3、遗传因素
不同品种或不同品系的孵化率不同;近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡;杂交种蛋孵化率高。
（1）、种鸡周龄：母鸡初产期的蛋孵化率低;在30周龄~42周龄产的蛋孵化率高;以后随周龄增长而逐渐下降,约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。
（2）、母鸡产蛋量：鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高;影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。
（3）、种鸡营养：日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多;缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高;缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。
（4）、种鸡管理：鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。
瑞科孵化的孵化工程师认为种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。
胚胎死亡原因
当遇到孵化效果不理想时，往往从孵化技术、操作管理上找原因，而很少去追究孵化技术以外的因素。在实际工作上孵化成绩是受多种因素的影响，总结其原因主要有三个因素：种鸡质量、种蛋管理和孵化条件，一、二因素决定孵化蛋质量，是提高孵化率的前提，第三因素就是影响孵化效果的关键。
整个孵化期胚胎死亡的分布规律，主要存在着两个死亡高峰：一个高峰出现在孵化前期，鸡胚在孵化第3-5天，死亡原因是：3~5天正是胚胎生长迅速、形态变化显著时期，各种胎膜相继形成而作用尚未完善。胚胎对外界环境的变化是很敏感，稍有不适，便影响一些弱胚的发育，甚至引起死亡。第二个高峰出现在孵化后期，鸡胚在孵化第18天以后，原因是此时胚胎从尿囊绒毛膜呼吸过渡到肺呼吸的时期，胚胎生理变化剧烈、需氧量大、自温剧增，对孵化环境要求高，若通风换气不良、散热不好将会进一步加大胚胎死亡。孵化期其他时间胚胎死亡，主要是受胚胎生活力的强弱影响。
(1)前期死亡：种蛋的营养水平及健康状况不良。营养：主要是缺维生素A、B：、E、K和生物素；疾病：感染白痢，伤寒；种蛋贮存时间过长，保存温度过高或受冻；种蛋熏蒸消毒不当；孵化前期温度过高或过低；种蛋运输时受剧烈振动；种蛋受污染；翻蛋不足。
(2)中期死亡：种鸡的营养水平及健康状况不良。营养：维生素B，或硒缺乏症缺维生素时多出现水肿现象；疾病：感染白痢，伤寒，副伤寒，沙门氏菌、传支等；孵化：污蛋未消毒，孵化温度过高，通风不良。
(3)后期死亡：种鸡的营养水平差，如缺乏维生素Bi2、D，、E、叶酸或泛酸、钙、磷、锰、锌或硒缺乏；蛋贮放太久；菌污染；小头朝上孵化；翻蛋次数不够；温度、湿度不当；通风不足；转蛋时种蛋受寒；菌污染。
(4)啄壳后死亡：若洞口多粘液，主要是高温高湿；出雏期通风不良；在胚胎利用蛋白时遇到高温，蛋白未吸收完，尿囊合拢不良，卵黄未进入腹腔；移盘时温度骤降；种鸡健康状况不良(感染新城，传支，白痢，伤寒或副伤寒等)；小头向上孵化；头两周内未转蛋；转蛋时将蛋碰裂，18~20天孵化温度过高，湿度过低。
(5)已啄壳但雏鸡无力出壳：种蛋贮放太久；人孵时小头朝上；孵化器内温度太高或湿度太低或翻蛋次数不够；种鸡饲料中维生素或微量矿物质不足。
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