孵化种蛋影响孵化率主要有方面，一是种蛋的原因，二是孵化条件未达到，三是种鸡的遗传因素。
1、种蛋的原因
（1）、 种蛋的品质：裂缝、污秽、畸形、太大、太小的蛋孵化效果不佳。
（2）、种保存：短期保存种蛋对孵化率的影响不大，但保存期延长就会导致孵化率不断下降。保存种蛋的温度太低，相对湿度不足，通风不良，翻蛋不当，都影响孵化率。种蛋受冻、受振以及消毒不严，均可造成胚胎早期死亡增多，胚胎发育受阻，孵化率降低。
2、孵化条件的原因
（1）、温度：孵化温度过高过低都会影响胚胎发育，严重时造成胚胎死亡。
（2）、湿度：孵化湿度过大过小，都影响蛋内水分代谢，胚胎死亡率高。
（3）、翻蛋：孵化中翻蛋不当或完全停止翻蛋，卵黄容易黏附于蛋壳膜上，影响胚胎运动，造成胎位不正，导致胚胎死亡。
（4）、通风换气：孵化中通风不良，会出现胎位不正和畸形，胚胎死亡率增高。
（5）、供电不稳：在供电不稳的地区或孵化器出现故障，使孵化中停电时间过长，造成温度降低和机内温度不均匀，使胚胎发育受阻甚至全部损失。
3、遗传因素
不同品种或不同品系的孵化率不同;近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡;杂交种蛋孵化率高。
（1）、种鸡周龄：母鸡初产期的蛋孵化率低;在30周龄~42周龄产的蛋孵化率高;以后随周龄增长而逐渐下降,约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。
（2）、母鸡产蛋量：鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高;影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。
（3）、种鸡营养：日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多;缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高;缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。
（4）、种鸡管理：鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。
瑞科孵化的孵化工程师认为种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。
出生幼雏的保温和饲养
1.育雏箱的作用主要是保温，和防止宝宝们乱跑。找个大纸箱就可以自己做，在箱子的顶部开一个20平方厘米左右的洞，接一个45-100W左右的灯泡（可以购买专业保温灯）在里面就可以了。里面放一个温度计，前三天要保证箱里的温度不低于35度，但也不要超过38度。如果感觉温度不好掌控，最简单的方法就是看幼崽宝宝们的表现了，宝宝们在里面有的吃有的玩有的睡，那么就恭喜您，温度非常好。宝宝们躲在角落里，远离灯泡那么就是温度过高了。宝宝们在里面挤成团，堆在灯泡下面，那么一定是温度低了。
2.箱里的温度应该提前加起来，不要等宝宝们进去了再加，箱的底部铺一层旧布或者毛面的卫生纸。饲料和饮水应该提前放进去。出壳15-24小时喝温水，补充体内所耗的水分。饮水后就可以喂食了。一般每天喂饲料6-8次，也可以任其自由采食，不得无故断水或断料。前5天的颗粒饲料（越细的颗粒越好，加点揉碎的熟蛋黄更好）应该直接撒到布上面，方便宝宝自己看的见。饲料颗粒一定要小，大了宝宝吃不进去会饿坏的。5天后可以把垫布拿掉。饲料要用小盘装起来，但是不可以用很滑的盘子，不然宝宝会把腿弄瘸。一次性的纸盘也可以。
入孵前不合格种蛋的挑选
1.畸形蛋 多见蛋形偏瘪或扁平，部分蛋壳侧面平滑细薄，四周有皱纹。照时可见部分蛋气室过小或倾斜错位。其形成可能是由母鸡产蛋期内受到惊吓，或者母鸡体过于肥大，造成产蛋节奏紊乱，有两个以上的蛋在子宫内相互挤压引起的，也可能是种鸡患有传染性支气管病或鸡群日粮中钙的含量不足所致。
2.沙壳蛋、蛋壳或钝端粗糙蛋 种蛋钝端有沙砾堆积，或者蛋壳过于粗糙的蛋，其蛋壳一般气孔过大，外壳膜覆盖不均。其形成原因尚无明确的论证。赵公舜博士认为，可能是由于母鸡生殖道受异物刺激或感染，蛋壳腺分泌失常所致。此类蛋由于壳薄、气孔大，孵化中往往促使水分加速蒸发，大部分受精胚在孵化1-7天和16-21天死亡，有的虽能勉强出壳，多见雏鸡躯干瘦，绒毛脏乱或畸形。
3.波形皱纹蛋 隶属畸形蛋的一种，蛋壳有皱纹或起伏波浪状，并伴有蛋形过长，其形成原因与畸形蛋相似，多由种鸡应激因素引起。孵化时无精蛋比率较大，受精蛋气室倾斜错位，胚胎位不正较多，多在后期死亡或出雏时闷死壳内。
4.过大蛋、双黄蛋 种蛋过大表面积则大，孵化时不利于受热和散热，也不利于蛋内的水分正常蒸发，照蛋时多见受精的胚胎发育迟缓。双黄蛋双蛋黄相连的，即使受精且发育成胚，当蛋黄进入腹腔时，由于蛋黄相连，胚胎连体，将无法出壳；蛋黄分开的双黄蛋，其中有一个受精，待发育成熟时，多见“粘胶”或闷死壳内；两个蛋黄同时受精的，有些助产勉强可出壳，但不宜做种蛋用。此类蛋的形成原因一般是由于过量饲量，母鸡体过重引起的，因此影响蛋受精或形成大蛋和双黄蛋。
5.圆形蛋、过小蛋 一般是由于限饲程序不当，造成种鸡早熟、种鸡弱小或种鸡发病期间产的蛋。种蛋不但个体小，呈球状，受精胚多见胎位不正，且出雏时多在蛋的小头或腰部啄壳，出雏困难；出壳雏鸡一般个体细小，脐环闭合不良，绒毛粗糙。
6.被干擦、刮擦和受鸡粪、蛋液以及外来因素污染的蛋 当蛋表沾有鸡粪时，用清洁球等干擦、刮擦种蛋，此时种蛋的保护层（外壳膜）被破坏，以致菌易侵入。受污染的蛋菌通过种蛋的气孔进入蛋内，导致孵化时死胚和臭蛋增多，甚至破，影响周围胚胎的正常发育。因此，此类蛋入孵前应严格淘汰。
