1、国家基础注册不同

 一个商标申请国际注册，保护的国家是"协定"成员国的，该商标必须是在原属国已经注册的商标或是经初步审定后的商标，方可提出国际注册申请。如果保护的国家是纯"议定书"成员国时，该商标可以是在原属国已经注册的商标，也可以是被原属国商标局受理但未经初步审定的注册申请。

2、缴费不同

如果申请国际注册的商标所保护的国家是"协定"成员国，该申请只要按照马德里协定所规定的统一规费交费即可。如果该商标保护的国家是纯"议定书"成员国，该申请除需缴纳马德里协定规定的统一规费外，还需依照各国规定缴纳单独规费。

3、审查期限

 “协定”成员国的审查期限为十二个月，而“议定书”成员国的审查期限可以是十二个月，也可以是十八个月。

4、国家基础注册与商标国际注册的关系不同

在"协定"成员国保护的国际注册商标，自国际注册之日起五年内，如果该商标在原属国国内注册已全部或部分被撤销、注销，那么，无论国际注册是否已经转让，该国际注册同时被撤销。

在纯“议定书”成员国保护的国际注册商标，自国际注册之日起五年内，如果该商标在原属国国内的注册已全部或部分被撤销或注销，商标所有人可以该商标被撤销之日起三个月内，向所的"议定书"成员国商标主管机关提交一份申请，并按照各成员国的规定缴纳一定的费用，即可将该商标的国际注册转换为在该国家的国家注册。