(1) 生产管理难度大 采用统一接单，集中排程的方式，产品品种多，工厂多，考虑因素多，手工排程难度大；从年计划到月计划到周计划再到工厂级计划，计划层次多，各工厂可生产的品种和产能差异大，计划难度大。
(2) 对库存管理要求高 对食品加工行业来说，产品的保质期比较短，产品周转要求很高，一笔销售订单可以触发整个采购、生产、分销等整个供应链和库存的变化，需要企业对库存严格控制和对市场做出及时的反应，降低成本，提高存货周转率和市场占有率。
(3) 信息分散及时性差 生产现场数据收集汇总困难，无法为排程提供准确的数据依据。不能精确控制车间生产线的在制品数量，无法及时了解每天车间领、用料情况；不能根据计划预测未来生产所用材料是否够用。
(4) 配方管理 食品企业是进行配方化生产的，配方需要保密，每次配方的改进都需要保管历史记录，以便于后续跟踪。
(5) 生产多样化 食品行业对市场的变化很敏感，一般采用批量生产和连续生产的方式。在物料管理方面，对BOM管理需要灵活的处理与控制方式。
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