巴氏杀菌是将混合原料加热至68～70℃，并保持此温度30min以后急速冷却到4-5℃。因为一般细菌的致死点在温度68℃、时间30min以下，所以将混合原料经此法处理后，可杀灭其中的致病性细菌和绝大多数非致病性细菌；混合原料加热后突然冷却，急剧的热与冷变化也可以促使细菌的死亡。
在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快（一般微生物生长的适宜温度为28℃—37℃）。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。
巴氏杀菌热处理程度比较低，一般在低于水沸点温度下进行加热，加热的介质为热水。不同的食品采用巴氏杀菌，有着不同的目的。某些食品，特别是牛乳、全蛋、蛋清和蛋黄，巴氏杀菌主要是破坏可能存在的病原菌，如结核杆菌和沙门氏菌。另外，大多数食品，如啤酒、果酒(葡萄酒)和果汁等采用巴氏杀菌的目的是从微生物和酶的角度来延长产品的货架寿命。一般经过巴氏杀菌的食品仍会含有许多能够生长的微生物，通常每毫升或每克中有几千个活菌，比商业杀菌的产品的贮藏期有所缩短。巴氏杀菌技术除用于液态食品(果汁、牛乳)、酸性食品和果酱罐头等外，还向其他领域渗透，如处理带壳牡蛎时用蒸汽处理法会降低牡蛎的含菌数。它的优点就是在较低温度、较短时间内处理食品，最大限度地使食品的色、香、味以及营养成分免受高温长时间处理的破坏。
