适时采收 采收木瓜的时候要掌握正确的采收期及防止机械损伤。木瓜由开花至果实成熟经历的时间因季节、品种而不同。因此，我们必须掌握采收标准。采摘通常根据果实颜色变化而进行， 果实营养物质积累到合适时期，果色呈现浅绿色，此时果实的颜色稍有褪变，果实中部的两个新皮间刚出现一点黄色条纹，至果皮皮色小于1/4黄（俗称“三线黄”），适合采收（此时果实已具有木瓜固有的风味，而且果实坚实，运输方便）。表明果实已开始已经进入成熟期，从出现黄色条斑直到全果变黄这多时间内，都可以采收。
采后处理 采后处理主要采用热水浸果处理、蒸汽热处理和熏蒸处理。热水处理是将木瓜置于48℃热水中浸泡20分钟左右，再放入流水中冷却，可有效减少炭疽病的发生。也可用含氯0.1%的漂白粉溶液洗果，然后结合采用热随处理等防腐技术。一般采后24小时之内，先以50℃的热水处理10分钟，再配500毫克/升的咪酰胺或特克多液浸泡，可以起到杀菌消毒的作用。（仅供参考） 贮藏包装 采摘后经过挑选、分级、防腐处理及发汗后，将木瓜装入内衬物理保鲜袋的纸箱或周转筐内。木瓜采用气调贮藏效果最好。低氧能有效延长木瓜果实的货架期。经热水防腐处理的果实，在温度为10-15℃之间，5%二氧化碳和1%氧气贮藏条件下可保鲜30-40天， 绿熟瓜在15℃以下不易转黄；但温度太低也不好，在7～8℃下贮藏会降低果实品质，在低于6℃的温度下贮藏会把果实冻坏。
贮藏期间的管理 贮藏方法：果箱贮藏，要用通风的塑料周转筐或木箱，果箱呈品字形或井字形，堆码不要太高，堆码时，箱与箱之间要留15cm的空隙，堆底用木板垫起，离地面10-15cm以便堆内空气流通，温度均匀，堆与堆之间要留1-1.5m的走道，以便通风和检查果品贮藏情况。