也许会有人说，很多案例表明使用芽孢杆菌后没有起到文中提到的降低COD的效果，反而会造成缺氧泛塘的现象。使用芽孢杆菌造成池塘缺氧主要包括以下三种情况：①连续阴雨天气，养殖池塘有机负荷较高，而且养殖池塘已处于缺氧状态，芽孢杆菌使用，短期内会消耗掉部分氧气，成为压倒骆驼的最后一根稻草；②部分养殖池塘，藻类严重老化，使用芽孢后营养竞争造成“倒藻”，死亡藻类消耗掉大量氧气造成池塘缺氧；

最常见的是养殖池塘有机物含量过多，健康藻类含量低，不管此时是否使用芽孢杆菌，都容易发生缺氧，此时应该开启增氧机，使用化学增氧类底质改良剂，提高养殖池塘溶氧量，降低缺氧风险。虽然芽孢杆菌是耗氧菌，但芽孢杆菌的耗氧量对于养殖水体的溶氧量来说微乎其微，可以忽略不计。使用芽孢杆菌时我们应该注意的是池塘的环境是否有机负荷过重，是否存在缺氧风险。如存在上述风险，建议多开增氧机或配合投放增氧剂。

芽孢杆菌胞外吸附重金属Cd离子，再通过依赖能量的转移系统将Cd运送到细胞内，可能通过外排作用或在细胞内形成沉淀来降低重金属Cd对细胞的毒害。Surowitz 等研究了枯草芽孢杆菌1A1原生质体对Cd2+离子的吸附，发现Cd2+离子的积累与细胞代谢有关，当存在抑制剂时，枯草芽孢杆菌原生质体对Cd2+离子的吸附能力远远降低，表明枯草芽孢杆菌1A1可以通过主动运输的方式将Cd2+离子运送至细胞内。此外，Cd2+可被作为Mg2+、Zn2+等结构类似物通过离子通道运到细胞内。有研究人员通过透镜电镜观察高浓度（1000mg/L）Cd条件下培养的地衣芽孢杆菌，发现菌体表面凹凸不平，细胞壁上和细胞内含有大量大小为50nm左右的Cd沉淀颗粒。